El programa de Ingeniería Ambiental tiene definidos 2 grupos de investigación, los cuales se enfocan e interactúan en diferentes temáticas:
- Limnología y recursos hídricos con sus líneas de énfasis en Gestión y conservación de los ecosistemas acuáticos y Recursos hidrobiológicos.
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- Estudios Florísticos con sus líneas de trabajo en Diversidad y bioexploración de los recursos florísticos regionales; Interacciones planta-microorganismos y Restauración ecológica
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